Pracownia Obrazowania Biologicznego




Mikroskop konfokalny Zeiss LSM700 Axio Imager Z2 w układzie prostym, z wyposażeniem do obserwacji w jasnym polu i epifluorescencji oraz z systemem cyfrowej akwizycji i analizy obrazu:

  • zainstalowany na stole antywibracyjnym

  • obrazowanie epifluorescencyjne przy użyciu lampy metalohalogenkowej (120 W) z 4 modułami filtrów dla: DAPI, FITC/Alexa 488/Cy2/eGFP, TEXAS RED/Alexa 568/Alexa 594 i Cy5

  • obiektywy do obrazowania jasnego pola i fluorescencji: suche typu Plan Neofluar 10x i Plan Apochromat 20x, oraz olejowe typu Plan Neofluar 40x i Plan Apochromat 63x

  • cztery lasery do wzbudzania fluorescencji przy 405 nm, 488 nm, 555 nm i 639 nm

  • układ detekcji z dwoma fizycznymi fotopowielaczami (2 detektory) do jednoczesnej rejestracji wzbudzonej fluorescencji, umożliwiający rejestrację klasyczną oraz spektralną w 4 kanałach fluorescencyjnych

  • detekcja spektralna z możliwością jednoczesnego wykorzystania dwóch detektorów, nastawiana z dokładnością 1 nm

  • prędkość skanowania umożliwiająca rejestrację 5 ramek na sekundę przy obrazach o rozdzielczości 512 x 512 pikseli

  • rozdzielczość skanowania ustawiana w zakresie do 2048 x 2048 pikseli

  • dedykowany pakiet oprogramowania Zeiss ZEN z funkcją Smart Setup pozwalającą na automatyczną konfigurację mikroskopu

Research projects at CeNT UW realized at the Biological Imaging Core Facility:

Laboratorium Molekularnych Podstaw Plastyczności Synaptycznej pod kierownictwem Magdaleny Dziembowskiej

Celem tego projektu jest wizualizacja i analiza połączeń synaptycznych tzw. synaps wstążkowych występujących w komórkach czuciowych narządu Cortiego (ang. hair cells) w, mysim modelu zespołu łamliwego chromosomu X, myszy Fmr1KO. Zespół łamliwego chromosomu X (FXS) jest spowodowany brakiem ekspresji białka FMRP (fragile X retardation protein), które bierze udział w wielu etapach metabolizmu mRNA w neuronach. Jedne z charakterystycznych objawów FXS obejmują niepełnosprawność intelektualną, zaburzenia ze spektrum autyzmu, a także nadwrażliwość sensoryczną, między innymi na bodźce akustyczne. Problemy z przetwarzaniem informacji akustycznych zaobserwowano w korze słuchowej myszy Fmr1KO, a także u pacjentów z FXS. W naszych badaniach testujemy hipotezę, że przynajmniej część obserwowanego fenotypu nadwrażliwości na dźwięki może być związana z deficytem synaps wstążkowych.
Do wizualizacji w mikroskopie konfokalnym wykonano barwienie immunofluorescencyjne z przeciwciałami, które są charakterystycznymi markerami strony przed- i postsynaptycznej synapsy wstążkowej.

Laboratorium Sygnalizacji Molekularnej i Kamórkowej pod kierownictwem Pawła Niewiadomskiego

Mikroskop konfokalny LSM700 służy do wysokorozdzielczego obrazowania białek zlokalizowanych w rzęskach pierwotnych. Rzęski to małe wypustki na powierzchni komórki, które pełnią rolę anten komórkowych i gromadzą białka wchodzące w skład ścieżek sygnalizacyjnych. Celem naszych badań jest sprawdzenie, w jaki sposób rzęski są w stanie wychwytywać z cytoplazmy i akumulować duże białka, takie jak czynniki transkrypcyjne Gli. Zdjęcie pokazuje nadeksprymowane białko Ubxn10 (zielone) gromadzące się wokół i wewnątrz rzęski pierwotnej (wybarwionej przeciwciałem anty-acetylowana tubulina - czerwony). Jądra barwione DAPI są pokazane na niebiesko.

Laboratorium Neurobiologii Molekularnej pod kierownictwem Marty Barbary Wiśniewskiej

Szlak sygnałowy Wnt jest znanym regulatorem rozwoju, biorącym udział m.in. w wyznaczaniu struktury przestrzennej centralnego układu nerwowego i regulacji puli komórek progenitorowych. Dużo mniej wiadomo o jego roli po okresie neurogenezy, mimo że właśnie wtedy czynniki transkrypcyjne ze szlaku Wnt - LEF1 i TCF7L2 - wyrażane są na wysokim poziomie w szeregu struktur podkorowych. W celu zbadania znaczenia białek LEF1/TCF7L2 dla dojrzewania mózgu zastosowaliśmy techniki wyciszania i nokautu genów oraz farmakologiczne hamowanie szlaku Wnt u Danio pręgowanego. Zmiany anatomiczne i molekularne międzymózgowia uwidaczniane były poprzez podwójne barwienia fluorescencyjnymi sondami dla genów markerowych.

1. Jaka jest maksymalna głębokość penetracji skanu dla próbki?

To bardzo zależy od zastosowanego obiektywu i jego efektywnej odległości roboczej (WD).
Suche obiektywy o średnim powiększeniu (10x lub 20x) mają większą odległość roboczą (odpowiednio 5,2 mm i 0,55 mm), a zatem pozwalają na głębszą penetrację (w zakresie setek mikronów), ale z gorszą rozdzielczością. Olejowe obiektywy o dużym powiększeniu (40x i 63x) mają mniejszą odległość roboczą (odpowiednio 0,21 mm i 0,19 mm) i tym samym mniejszą głębokość penetracji skanu (w zakresie kilkudziesięciu mikronów), ale z wysoką rozdzielczością.

2. Jaka jest minimalna/maksymalna grubość próbki?

Na ogół zaleca się przygotowywanie cienkich próbek (do 100 μm) do obrazowania konfokalnego o wysokiej rozdzielczości. Jeśli twoja próbka jest grubsza, nadal będzie można zeskanować ją, ale przy większym rozpraszaniu laserowym, a tym samym niższej rozdzielczości.

3. Czy mikroskop nadaje się do obrazowania na żywo?

Niestety nasz mikroskop konfokalny nie jest wyposażony w dedykowaną komorę środowiskową, która ogranicza możliwość obrazowania na żywo próbek biologicznych.

4. Jakie linie lasera są dostępne do wzbudzania fluorescencji?

Mikroskop jest wyposażony w zestaw czterech laserów diodowych: 405 nm (5 mW), 488 nm (10 mW), 555 nm (10 mW), 639 nm (5 mW).

5. Jakie są możliwe eksperymentalne zastosowania mikroskopu?

Nasz mikroskop pozwala na wiele różnych zastosowań, w tym wizualizacje i rekonstrukcje 3D, eksperymenty poklatkowe połączone z fotoaktywacją/fotowybielaniem, np. FRAP lub FRET, remiksowanie kanałów w celu wyraźnego spearlingu nakładających się pików, analizy kolokalizacji, obrazowanie spektralne (skanowanie lambda) itp. Kilka przykładów najnowszych aplikacji można znaleźć w zakładce „Projekty grup badawczych z CeNT UW realizowane w pracowni obrazowania biologicznego„Research” tab.

6. Jakie są tryby skanowania mikroskopu?

Mikroskop działa w dwóch podstawowych trybach – epifluorescencji i odbicia.
W trybie epifluorescencyjnym laser wzbudza fluorescencję w próbce – jest to albo naturalna fluorescencja (autofluorescencja), albo barwnika fluorescencyjnego, który został przyłączony do określonego miejsca w próbce za pomocą znacznika związanego z przeciwciałem.

W trybie odbicia światło lasera jest po prostu odbijane od powierzchni próbki, co pozwala uzyskać dodatkowe informacje z próbek odbijających światło lub o znacznych wahaniach współczynnika załamania światła na określonych granicach, co jest wykorzystywane np. do badania różnych interakcji między komórkami a macierzą.

7. Jaki jest maksymalny rozmiar próbki?

Tak długo, jak próbka mieści się na jednym szkiełku podstawowym, można ją obrazować nawet w skali makro poprzez automatyczne składanie obrazów. Stolik naszego mikroskopu mieści jednocześnie do 10 pojedynczych szkiełek mikroskopowych.

8. Jaki jest minimalny krok stolika?

Nasz stolik jest w pełni zmotoryzowany z zakresem przesuwu w płaszczyźnie XY wynoszącym 225 x 85 mm i minimalnym krokiem przesuwu w osi Z wynoszącym 10 nm.

9. Jak mam przygotować preparat przed sesją konfokalną?

Twój protokół przygotowania preparatu jest bardzo zależny od jego rodzaju. Zaleca się użycie standardowego szkiełka mikroskopowego (76 x 26 mm) ze szkiełkiem nakrywkowym u góry. Preparat można utrwalić w roztworze buforowym lub innym medium jak np. gliceryna i powinien być unieruchomiony, aby uniknąć niepożądanych ruchów podczas akwizycji. Aby uzyskać więcej porad i wskazówek, wypełnij formularz w sekcji”Strefa Klienta” section.

10. Jaki jest średni czas generowania wyników dla próbek komercyjnych?

Czas zależy od liczby próbek i rodzaju eksperymentu. Zazwyczaj akwizycja w wysokiej rozdzielczości preparatu o grubości 50µm metodą serii skrawków optycznych (ang. Z-stack) zajmuje do 1 godziny, łącznie z przygotowaniem mikroskopu. Dla zeskanowania pięciu próbek w wysokiej rozdzielczości wystarczy półdniowa sesja konfokalna.

11. Czy możemy zawrzeć umowę o zachowaniu poufności dla moich badań komercyjnych?

Tak, jest to możliwe.

12. Jak mogę uzyskać dostęp do swoich danych po zakończeniu sesji?

Po każdej sesji twoje dane są zapisywane na serwerze CeNT jako nieprzetworzone pliki w formacie czi. Na dysk pamięci można je następnie pobrać offline na dedykowanych stacjach roboczych CeNT.

13. Ile średnio może zostać przetworzonych preparatów w ciągu tygodnia?

W zależności od rodzaju eksperymentu możemy zobrazować i przetworzyć około 10-20 preparatów tygodniowo, ale wszystko to jest ustalane indywidualnie, gdy poznamy więcej szczegółów odnośnie potrzeb badawczych.

14. Czy możliwe jest wykorzystanie CeNT-owego mikroskopu do realizacji swojego projektu we współpracy?

Oczywiście tak. Jesteśmy placówką z otwartym dostępem i zapraszamy wszystkich potencjalnych współpracowników do przeprowadzania eksperymentów w CeNT UW. Goście z innych ośrodków akademickich będą obciążani preferencyjną stawką w porównaniu do użytkowników w pełni komercyjnych. Pełny cennik znajduje się w zakładce „Cennik” tab.

15. Jaki jest średni czas oczekiwania na analizę moich preparatów?

Mikroskop jest dostępny dla wszystkich zainteresowanych użytkowników i dlatego może być od czasu do czasu bardzo zajęty. Jednak średni czas na zarezerwowanie sesji powinien być krótszy niż 2 tygodnie. Możesz sprawdzić aktualny status rezerwacji w zakładce „Strefa Klienta” tab.

16. Czy możliwe jest omówienie moich potrzeb badawczych lub protokołu przygotowania preparatu przed rezerwacją urządzenia?

Oczywiście tak. Naszym priorytetem jest zrozumienie Twoich potrzeb i pomoc w przygotowaniu preparatu przed pomiarem. Pozwalamy naszym użytkownikom przedstawić ich wymagania poprzez formularz online w zakładce „Strefa Klienta” tab. Może to stanowić dobry punkt wyjścia do bezpośrednich dyskusji przed podjęciem decyzji o rezerwacji i analizą przetworzonych danych.

Użytkownicy wewnętrzni (samodzielny pomiar)32 PLN/h8 €/h10 $/h
Zewnętrzni użytkownicy akademiccy (pomiar z udziałem operatora CeNT)150 PLN/h40 €/h45 $/h
Zewnętrzni użytkownicy pozaakademiccy (pomiar z udziałem operatora CeNT)225 PLN/h55 €/h60 $/h

Ceny zawierają podatek.

Przed udzieleniem dostępu do Laboratorium Specjalistycznego Pracowni Obrazowania Biologicznego z personelem wymagana jest formalna akceptacja zasad i przepisów. Wszystkie informacje na ich temat można znaleźć w poniższym formularzu::

!
Zeiss LSM 700
 
październik 2024
pon. wt. śr. czw. pt. sob. niedz.
 
1
 
2
 
3
 
4
 
5
 
6
 
7
 
8
 
9
 
10
 
11
 
12
 
13
 
14
 
15
 
16
 
17
 
18
 
19
 
20
 
21
 
22
 
23
 
24
 
25
 
26
 
27
 
28
 
29
 
30
 
31
 		  

Formularz zamówienia użytkownika wewnętrznego, który należy wypełnić i podpisać dla wewnętrznych użytkowników CeNT UW przed dokonaniem rezerwacji.

Wewnętrzny formularz zamówienia

Formularz zamówienia zewnętrznego użytkownika do wypełnienia i podpisania dla zewnętrznych użytkowników akademickich lub zewnętrznych użytkowników nieakademickich przed dokonaniem rezerwacji..

Zamówienie

If you are a certified user, log in directly via -> Platforma rezerwacji

If you are not a certified user, please complete the form below: