Podstawowy instrument sekwencjonowania nowej generacji

Mgr inż. Dorota Adamska - konsultant ds. projektowania eksperymentów, przygotowywania próbek i operator systemów z serii Illumina

Kwalifikacje badawcze i umiejętności techniczne:

  • Praktyczne doświadczenie w przygotowywaniu różnych typów bibliotek DNA i RNA do do sekwencjonowania nowej generacji w systemach Illumina, a także w izolacji kwasów nukleinowych, ich oczyszczania i badania interakcji między sobą oraz z białkami.

  • Biegła obsługa i konfigurowanie sekwencjonowania na różnych platformach (Hiseq, HiScan, MiSeq, NextSeq, NovaSeq), a także korzystanie z powiązanego sprzętu (np. Bioanalyzer, Covaris, LighCycler 480).

  • Kompleksowa wiedza na temat projektowania strategii multipleksowania dla różnych typów bibliotek i platform sekwencjonowania. Doświadczenie w koordynacji wielu grup naukowych we wspólnych eksperymentach NGS.

  • Umiejętności bioinformatyczne dotyczące wstępnego przetwarzania danych NGS i podstawowe doświadczenie w analizie danych transkryptomicznych, genomowych i metagenomicznych.

  • Wiedza teoretyczna i bogate doświadczenie w konsultacjach na temat zgodności metod przygotowania materiałów z oczekiwaną jakością danych planowaną analizą bioinformatyczną.
Mgr Michał Szeląg - Technik laboratoryjny, operator systemów Illumina

Kwalifikacje badawcze i umiejętności techniczne:

  • Praktyczne doświadczenie z sekwencjonowaniem nowej generacji na platformie MiSeq i NovaSeq6000.

  • Doświadczenie w analizie próbek metagenomicznych i środowiskowych, w tym modelowaniu filogenetycznym.

  • Umiejętności z szerokiego zakresu mokrych technik laboratoryjnych, w tym ekstrakcji, izolacji i oczyszczania materiału genetycznego, przygotowania bibliotek.
Dr Krzysztof Goryca - bioinformatyk

Kwalifikacje badawcze i umiejętności techniczne:

  • Doświadczenie w planowaniu i realizacji szerokiego zakresu projektów wykorzystujących techniki sekwencjonowania.

  • Znajomość technik analizy wyników eksperymentów badających ekspresję genów, genotyp, wiązanie białek do chromatyny.

  • Doświadczenie w analizie danych wykorzystujących starsze techniki wysokoprzepustowe: mikromacierze oligonukleotydowe i SAGE.

  • Znajomość języka R.

  • Doświadczenie w pracy z publicznymi bazami danych wyników eksperymentalnych.


NovaSeq 6000 sequencer features:

  • NovaSeq is the newest addition to Illumina’s Next Generation Sequencing Systems portfolio. It offers the highest throughput reaching up to 6000 Gb per run, reducing costs even more compared to other Illumina Sequencers.

  • High scalability and flexibility allows for cost effective sequencing for virtually any application and project.

  • This instrument can run two flowcells in parallel at once. By choosing from four different commercially available flowcells, an investigator can optimize data coverage, sequence lengths and costs to specifically suit their needs.

Price list for NGS services

Next Generation Sequencing on the Illumina machines is a three-part process that consists of sample preparation (sequencing libraries construction), sequencing run and data analysis. The three services may be priced and provided either as a whole or separately. Different rates apply to the following user groups: internal academics (CeNT and UW) and external academics. Additional services are also available upon request.

 

Wewnętrzni użytkownicy akademiccyZewnętrzni użytkownicy akademiccy

A formal acceptation of the rules and regulations is required prior to granting access to core facilities equipment and staff consultations. All information about them you can find in the form below:

!
Consultations for NovaSeq6000 sequencer
 
październik 2024
pon. wt. śr. czw. pt. sob. niedz.
 
1
 
2
 
3
 
4
 
5
 
6
 
7
 
8
 
9
 
10
 
11
 
12
 
13
 
14
 
15
 
16
 
17
 
18
 
19
 
20
 
21
 
22
 
23
 
24
 
25
 
26
 
27
 
28
 
29
 
30
 
31
 		  

Types of consultations:

EXP- Experimental analysis

DA -Data analysis

Both – Experimental analysis and Data analysis

Internal Order Form to be completed and signed by internal CeNT/UW users prior to making reservation assignments.

Wewnętrzny formularz zamówienia

To reserve your consultation time, please complete the form below: