Laboratorium Specjalistyczne Proteomikii

Dr Remigiusz Serwa - kierownik laboratorium i konsultant ds. projektowania eksperymentów i analizy danych

Kwalifikacje badawcze i umiejętności techniczne:

  • Praktyczne doświadczenie w przeprowadzaniu wielo-etapowych procesów proteomicznych i chemoproteomicznych (projektowanie eksperymentów, generowanie próbek biologicznych, przygotowywanie próbek do pomiarów, zbieranie danych, analiza jakościowa i ilościowa na poziomie peptydu i białka, adnotacja ontologii genowej i analiza ścieżkek sygnalizacyjnych, wizualizacja danych proteomicznych, generowanie raportów)

  • Opracowywanie i adaptacja metod proteomicznych i chemoproteomicznych

  • Znajomość oprogramowania i platform bioinformatycznych do przetwarzania i analizy danych proteomicznych

  • Konsultacje dot. eksperymentów proteomicznych z reprezentantami różnych dyscyplin naukowych

  • Bogate doświadczenie w przekazywaniu wiedzy (prowadzenie seminariów i wykładów na konferencjach międzynarodowych, organizacja i prowadzenie warsztatów przygotowania próbek i analizy danych proteomicznych)

  • Zarządzanie i motywowanie (nadzór studentami, personelem naukowym oraz personelem technicznym)
Mgr Tomasz Banach - operator spektrometru mas i analityk danych pomiarowych

Kwalifikacje badawcze i umiejętności techniczne:

  • Przeprowadzanie elektroforezy żelowej 2D i HPLC w połączeniu ze zbieraniem frakcji przed pomiarem metodami spektrometrii mas

  • Obszerne doświadczenie w dziedzinie nietypowego oczyszczania i zatężenia próbek białek, a w szczególności z metodami specjalnie przeznaczonymi do analizy białek z krwi, płynu łzowego, moczu, oraz śliny

  • Zarządzanie eksperymentami w dziedzinie obrazowania tkanek, prowadzenie pomiarów typu top-down i bottom-up

  • Specjalizacja w dziedzinie analiz celowanych


Nanoprzepływowy chromatograf cieczowy Dionex Ultimate 3000 sprzężony ze spektrometrem mas Q-Exactive HF-X:

  • Instrument ten jest wysokowydajną jednostką do badań proteomiki typu bottom-up i top-down. Zaawansowane tryby skanowania, w tym ulepszone algorytmy wybierania pików do fragmentacji oraz nowy ultraszybki czas skanowania MS/MS (poniżej 20 milisekund), zapewniają ogromną poprawę szybkości i głębokości sekwencjonowania polipeptydów.

  • Proteomika typu top-down wykorzystuje trawienie białek do peptydów, które są następnie sekwencjonowane w spektrometrze mas i dostarczają informację o białkach, z których pochodzą. Oprócz wglądu w poziomy ekspresji białka i zakres modyfikacji potranslacyjnych, ten typ analizy może być zastosowany do dostarczenia informacji o trwałości białka, lokalizacji wewnątrzkomórkowej, a także oddziaływaniach białko-białko i białko-mała cząsteczka.

  • Podczas pomiaru typu bottom-up mierzy się z kolei białka pełnej długości i poddaje je fragmentacji w fazie gazowej, aby dostarczyć informacji o sekwencji aminokwasowej i modyfikacjach związanych z nimi kowalencyjnie. Ten typ analizy pozwala uzyskać rozdzielczość na poziomie proteoform. Uwaga: prowadzenie tego typu pomiarów w naszym laboratorium jest możliwe tylko, gdy chęc zgłaszana jest z wielomiesięcznym wyprzedzeniem.

    		•

     

    MS analysis
    Użytkownicy wewnętrzni: CeNT i UW 205 PLN/h47 €/h52 $/h
    Zewnętrzni użytkownicy akademiccy 205 PLN/h47 €/h52 $/h
    Zewnętrzni użytkownicy pozaakademiccy 300 PLN/h70 €/h76 $/h
    MS data analysis
    Użytkownicy wewnętrzni: CeNT i UW 105 PLN/h25 €/h27 $/h
    Zewnętrzni użytkownicy akademiccy 105 PLN/h25 €/h27 $/h
    Zewnętrzni użytkownicy pozaakademiccy 150 PLN/h35 €/h38 $/h

    Uwaga: W przypadku użytkowników zewnętrznych do podanej kwoty zostanie doliczony podatek VAT.

    A formal acceptation of the rules and regulations is required prior to granting access to core facilities equipment and staff consultations. All information about them you can find in the form below:

    !!
    Consultations for nLC-coupled Q-Exactive HF-X
     
    kwiecień 2025
    pon. wt. śr. czw. pt. sob. niedz.
     
    1
     
    2
     
    3
     
    4
     
    5
     
    6
     
    7
     
    8
     
    9
     
    10
     
    11
     
    12
     
    13
     
    14
     
    15
     
    16
     
    17
     
    18
     
    19
     
    20
     
    21
     
    22
     
    23
     
    24
     
    25
     
    26
     
    27
     
    28
     
    29
     
    30
         		  
    Consultations for UPLC-coupled Q-Exactive UHMR
     
    kwiecień 2025
    pon. wt. śr. czw. pt. sob. niedz.
     
    1
     
    2
     
    3
     
    4
     
    5
     
    6
     
    7
     
    8
     
    9
     
    10
     
    11
     
    12
     
    13
     
    14
     
    15
     
    16
     
    17
     
    18
     
    19
     
    20
     
    21
     
    22
     
    23
     
    24
     
    25
     
    26
     
    27
     
    28
     
    29
     
    30
         		  

    Wewnętrzny formularz zamówienia do wypełnienia i podpisania przez wewnętrznych użytkowników CeNT / UW nieobjętych ReMedy przed dokonaniem rezerwacji.

    Zamówienie

     

    Formularz zamówienia zewnętrznego użytkownika do wypełnienia i podpisania przez zewnętrznych użytkowników akademickich lub zewnętrznych użytkowników nieakademickich przed dokonaniem rezerwacji.

    Wewnętrzny formularz zamówienia

    If you are a certified user, log in directly via -> Platforma rezerwacji

    If you are not a certified user, please complete the form available at: